鼓樓區歷史源遠流長，是南京城區開發較早地區之一，五六千年前就有多處原始村落存在。周顯王三十六年（前333），楚威王熊商在石頭山置金陵邑，此為鼓樓區境第一個行政建置，也是南京城區建置之始。秦始皇嬴政三十七年（前210），金陵邑改為秣陵縣，增設江乘縣，現區境北部屬江乘縣、南部屬秣陵縣。西漢至唐代，區境隸屬名稱、地界劃分多有變更。五代楊吳天祐十四年（917）至清末，區境均為江寧、上元兩縣管轄。明初，筑南京城墻，區境主體部分圈入內城，其余部分也在外廓之內。

民國元年（1912）1月，中華民國臨時政府廢上元、江寧兩縣，建南京府為國都。區境屬南京府 ［民國2年（1913），改稱江寧縣，為江蘇省省會］。

民國16年（1927）4月，國民政府定都南京，改江寧城區為南京市，區境屬南京市。

民國22年（1933）3月，南京市分劃自治區，城區設8個行政區。今區境時為第六區、第七區，是建區之始。

民國26年（1937）12 月，侵華日軍占領南京后，區境受日偽管轄，分屬第四區、第五區。

民國31 年（1942）4 月，汪偽南京特別直轄市重新劃分城區為6個區，以北極閣、華僑路、清涼山一線，沿定淮門、挹江門、金川門至玄武門城墻，劃為“城區自治實驗區”（為今區境部分）。

民國34年（1945），抗日戰爭勝利后，恢復原第六區、第七區建制，為今區境主體。

1949年4月，南京解放。1950年6月15日，第六、第七區調整為新五區、新六區（后習慣稱為第五區、第六區）。新五區范圍：自中央門、玄武門至新街口，自新街口至漢中門，沿城墻至挹江門，自挹江門沿城墻、護城河至中央門。新六區范圍：南沿定淮門外明城墻，經挹江門、興中門、鐘阜門、新民門、金川門至黑龍江路西，折北寶塔橋西至長江中心線；南至新河二村至長江中心線。

1955年8月3日，第五區、第六區分別更名為鼓樓區和下關區。第五區設挹江門、三牌樓、中央門、水佐崗、丁家橋、鼓樓、陰陽營、上海路、沈舉人巷9個街道辦事處，第六區設三汊河、寶善街、二板橋、商埠街、熱河路、車站、四所村、寶塔橋、三汊河水上9個辦事處，作為區人民委員會派出機構。

1967年3月，鼓樓區改稱延安區，下關區改稱東方紅區。

1973年11月12日，延安區革命委員會、東方紅區革命委員會分別更名為鼓樓區革命委員會和下關區革命委員會。

1980年 9月、10月，下關區革命委員會、鼓樓區革命委員會先后撤銷，相應成立下關區人民政府、鼓樓區人民政府。

1995年4月，南京市區劃調整，鼓樓區區域四至：東起中央門沿中央路、中山路至新街口，與玄武區為鄰；南自新街口沿漢中路、鳳凰西街、江東北路到螺絲橋大街，與建鄴區相連；西自螺絲橋大街沿長江堤岸到劃子村渡口，與雨花臺區江心洲隔江（夾江）相望；北自劃子村渡口沿定淮門大街過秦淮河沿城墻至挹江門，再沿中山北路，過大橋南路沿金川河、護城河到中央門，與下關區接壤。下關區區域四至：東以窯上村十字街為界與棲霞區相連，東南與玄武區接壤，南以定淮門大街為界與鼓樓區毗鄰，西、北以長江為界，與浦口區相望。

2002年 10月 22 日，寧委發〔2002〕45 號文，將建鄴區莫愁湖街道辦事處漢中門大街以北地區及其建制劃歸鼓樓區管轄；漢中門大街以南部分劃歸建鄴區南湖街道辦事處管轄。

2007年3月1日，經省、市政府批準，將建鄴區興隆街道江東村委會劃歸鼓樓區管理。兩區此段行政區域界線走向為：自漢中門大街中心線與清河路交匯處起，折向西南沿清河大街中心線至規劃的集慶門大街中心線，折向東沿規劃的集慶門大街西段中心線至規劃的燕山路北段中心線，折向北沿規劃的燕山路北段中心線至漢中門大街中心線。

2013年2月19日，根據《國務院關于同意江蘇省調整南京市部分行政區劃的批復》（國函〔2013〕24號），鼓樓區、下關區合并設立新的鼓樓區。